Естествената лимонена киселина е широко разпространена в природата, естествената лимонена киселина съществува в растения като лимони, цитрусови плодове, ананас и други плодове и животински кости, мускули, кръв. Синтетичната лимонена киселина се произвежда чрез ферментация на захар, меласа, нишесте, грозде и други захарни вещества.
Много плодове и зеленчуци, особено цитрусовите плодове, съдържат големи количества лимонена киселина, особено лимоните и лаймовете - те съдържат големи количества лимонена киселина, до 8 процента, когато са изсушени (около 47 g/L в плодов сок). В цитрусовите плодове съдържанието на лимонена киселина е между 0.005mol/L в портокали и грозде и 0,30mol/L в лимони и лайм. Това съдържание варира в зависимост от различните култивирани видове и растежа на растенията.