Откакто Х. А. Кребс предложи теорията за трикарбоксилния цикъл през 1940 г., механизмът на ферментация на лимонената киселина постепенно беше разбран. Доказано е, че в биохимичния процес на производство на лимонена киселина от захарни суровини, процесът на захар до пируват е същият като този на алкохолната ферментация, тоест по ЕМ пътя (хексозо дифосфатен път). След това пируватът допълнително се окислява и декарбоксилира до ацетил-КоА, а оксалооцетната киселина, получена чрез карбоксилиране на ацетил-КоА и пируват, се кондензира в лимонена киселина и навлиза в пътя на трикарбоксилния цикъл.
Лимонената киселина е междинен продукт на метаболитните процеси. По време на процеса на ферментация, когато активността на аконит хидратаза и изоцитрат дехидрогеназа в микроорганизмите е много ниска, но активността на синтетазата на лимонената киселина е много висока, това благоприятства натрупването на лимонена киселина.
Процесът на ферментация е разделен на повърхностна ферментация и твърда ферментация, а средата от различни суровини се приготвя според различни процеси и след това се извършва парата. Целта на варенето на пара е да желатинизира нишестето и да го стерилизира. Когато запарвате материали, материалът трябва да се нагрява равномерно, парата е гладка и материалът трябва да се добавя по време на запарване. Материалът трябва да се добавя към мястото, където се генерира парата, и материалът трябва да се добавя слой по слой. Задушеният материал трябва да се диспергира и охлади и когато температурата падне под 37 градуса C, може да се инокулира с вода и да ферментира на плоча. Крайната точка на ферментация се определя от киселинността и киселинността се определя редовно, за да се гарантира, че материалът се изхвърля, когато киселинността е най-висока, така че да се избегне разграждането на лимонената киселина от бактерии.