След ферментацията ферментационните алдехиди трябва да бъдат третирани. За повърхностна ферментация капачката трябва незабавно да се отдели от ферментационната течност, след което капачката и плиткият съд трябва да се измият с малко количество вода и ферментационната течност и водата за измиване трябва да се комбинират. Лимонената киселина при твърда ферментация трябва да се излугва с вода, температура на водата 80 градуса, излугва се 2 до 3 пъти, накисва се и се комбинира. Ферментиралата киселина се филтрира чрез филтърна преса, а филтратът и промивната вода се комбинират и се насочват в резервоара за филтрат. Лимонената киселина реагира с калциеви соли и калциеви основи, за да образува калциев цитрат, който се утаява от течната фаза и се отделя от разтворимите примеси. Ако киселината съдържа повече оксалова киселина, тя може да се утаи в горещия неутрализиращ разтвор под рН стойност 3, така че първо да се отдели оксалатът. Крайната точка на неутрализация се тества с прецизна тестова хартия и стойността на pH се поддържа на 6.0~6,8. Разбъркайте при около 85 градуса за 30 минути, така че калциевият сулфат да се утаи напълно, филтрирайте. Калциев цитрат с хидролиза на сярна киселина, според съдържанието на лимонена киселина в разтвора за определяне на количеството на сярна киселина, обикновено излишъкът на сярна киселина е не повече от 0,2 процента. След киселинна хидролиза киселината се филтрира. Пречистването на разтвор на лимонена киселина премахва пигмент, колоид, метални катиони като железни йони, калциеви йони, медни йони, магнезиеви йони и анионни примеси като сулфатен йон чрез адсорбционно обезцветяване и йонен обмен.
Пречистването се извършва най-вече на хроматографската колона, обезцветеният въглерод е GH-15 гранулиран въглерод, а йонната смола е смола Ин и Ян. Концентрацията на разтвора за пречистване на лимонена киселина е само 20 процента до 25 процента и кристализацията може да се извърши само ако е концентриран до повече от 70 процента. Температурата на концентрация не може да бъде твърде висока, за да не се разложи лимонената киселина, концентрацията на пречистващата течност може да се извърши под отрицателно налягане, за да се спести енергия, може да се използва изпарител с двоен или троен ефект. Удебеляването се извършва на два етапа. След първото сгъстяване се поставя в утаителния резервоар за запазване на топлината и утаяване, след което по-голямата част от гипса се отстранява. Втората концентрирана течност съдържа около 80 процента лимонена киселина, която се освобождава и кристализира навреме. Втората концентрация може да бъде повдигната или пластинчат изпарител, за да се намали времето за контакт между захранващата течност и топлинната среда, което може да подобри качеството на продукта. Различните методи на кристализация могат да получат различни продукти, кристализацията на монохидрат на лимонена киселина е 80 процента разтвор, температурата е 55 градуса, естественото охлаждане при разбъркване в кристализатора, когато температурата спадне до 40 градуса, се добавя кристалното семе и кристализацията започва, контролната температура не надвишава 36 градуса, по това време продуктът е монохидрат на лимонена киселина; Ако разтворът се концентрира до 83 процента при 60 градуса С, охлади се до 46 градуса С и се добави към семената, температурата се поддържа на 40~60 градуса С, за да кристализира бавно, и накрая се намали до 38 градуса С, продуктът е безводен лимонена киселина. Кристалната търговска лимонена киселина се получава чрез отделяне и центрофугиране на кристалната паста.